Vadovaujantis LR pelno mokesčio įstatymo (toliau – PMĮ) 5 str. 2 dalies nuostatomis, įmonės, kuriose vidutinis sąrašuose esančių darbuotojų skaičius neviršija 10 žmonių ir mokestinio laikotarpio (prasidėjusio 2012 m.) pajamos neviršija 1 mln. Lt, apmokestinamasis pelnas apmokestinamas taikant 5 proc. pelno mokesčio tarifą. Tačiau būtina atkreipti dėmesį, kad pagal PMĮ 5 str. 3 d. 3 punkto nuostatas, lengvatinis 5 proc. pelno mokesčio tarifas netaikomas tiems juridiniams vienetams, kuriuose tas pats dalyvis paskutinę mokestinio laikotarpio dieną valdo daugiau kaip 50 proc. akcijų, dalių ar pajų.
Pagal PMĮ 2 str. 6 dalies nuostatas, vieneto dalyvis – asmuo, kuris turi nuosavybės teisę į vieneto turtą, arba asmuo, kuris neišsaugo nuosavybės teisių į vieneto turtą, bet įgyja prievolinių teisių ir (arba) pareigų, susijusių su vienetu. LR viešųjų įstaigų įstatymo 7 straipsnyje nustatyta, kad viešosios įstaigos dalininkas yra fizinis ar juridinis asmuo, kuris Viešųjų įstaigų įstatymo ir įstatų nustatyta tvarka yra perdavęs viešajai įstaigai įnašą ir turi dalininko teises, taip pat asmuo, kuriam dalininko teisės yra perleistos įstatų ar įstatymų nustatyta tvarka. Viešosios įstaigos steigėjai, Viešųjų įstaigų įstatymo ir įstatų nustatyta tvarka perdavę viešajai įstaigai įnašą, tampa jos dalininkais. Jeigu viešosios įstaigos dalininkas yra vienas asmuo, jis vadinamas viešosios įstaigos savininku. Viešųjų įstaigų įstatymo nuostatos, kurios taikomos dalininkams, taikomos ir savininkui.
Pagal pateiktą informaciją, tas pats dalyvis, fizinis asmuo X, yra ir UAB A akcininkas (valdo 51 proc. akcijų), ir vienintelis viešosios įstaigos steigėjas (jam priklauso 100 proc. viešosios įstaigos dalininko kapitalo), t. y. tas pats fizinis asmuo daugiau kaip 50 proc. valdo du vienetus. Taigi, atsižvelgiant į išdėstytas nuostatas, jei fizinio asmens X valdomi akcijų ir dalininko paketai iki paskutinės mokestinio laikotarpio dienos nebus atitinkamai pasikeitę, UAB A 2013 metų mokestinio laikotarpio apmokestinamajam pelnui negalės taikyti lengvatinio 5 proc. pelno mokesčio tarifo.
Lengvatinį 5 proc. pelno mokesčio tarifą prekybos įmonė UAB A galėtų taikyti tuo atveju, jeigu, pavyzdžiui, pagal pateiktą situaciją, UAB A akcininkas X paskutinę mokestinio laikotarpio dieną valdytų ne daugiau kaip 50 proc. UAB A akcijų. Svarbus aspektas yra tai, kad siekiant taikyti lengvatinį 5 proc. pelno mokesčio tarifą uždarosioms akcinėms bendrovėms, PMĮ nuostatose nėra nustatyta susijusių asmenų sąlyga, priešingai nei individualioms įmonėms ar kaip tai nustatyta LR pridėtinės vertės mokesčio (toliau – PVM) įstatyme dėl prievolės įmonėms registruotis PVM mokėtojais.
Pavyzdžiui, PVM 5 str. 3 dalyje nustatyta, kad lengvatinis 5 proc. pelno mokesčio tarifas individualioms įmonėms netaikomas tuo atveju, jei individualios įmonės savininkas ar jo šeimos nariai yra ir kitų individualių įmonių savininkai. PVM įstatymo 71 str. 7 dalyje nustatyta pareiga juridiniams asmenims, kuriuos valdo tas pats asmuo arba kartu su susijusiais asmenimis (pvz., žmona ar vaikais), registruotis PVM mokėtojais, kai bendra visų jų gauta atlygio už, vykdant ekonominę veiklą, patiektas prekes ir (arba) suteiktas paslaugas suma per metus (paskutiniuosius 12 mėnesių) viršijo 155 000 Lt ribą, neatsižvelgiant į tai, kad kiekvieno juridinio asmens per metus gauta atlygio suma yra mažesnė nei 155 000 Lt.
Taigi tuo atveju, jei UAB A akcininkas X perleistų dalį valdomų UAB A akcijų – paskutinę mokestinio laikotarpio dieną valdytų ne daugiau nei 50 proc. UAB A akcijų, prekybos įmonė UAB A galėtų taikyti lengvatinį 5 proc. tarifą. Žinoma, UAB A taip pat turėtų tenkinti nustatytas sąlygas dėl metinės apyvartos ir darbuotojų skaičiaus.
Tačiau būtina įvertinti riziką, kad mokesčių administratorius UAB A akcijų perleidimo sandoriui gali taikyti turinio prieš formą viršenybės principą, kuriuo remiantis UAB A akcijų perleidimo sandorį gali pripažinti kaip formalų, sudarytą tik siekiant mokestinės naudos, t. y. siekiant pasinaudoti mokestine lengvata.