Komentaro papildyme nurodoma, kad tuo atveju, kai Lietuvos įmonė, netiesiogiai kontroliuoja užsienio bendrovę per kitą Lietuvos įmonę (kurioje tiesiogiai valdo daugiau kaip 50 proc. akcijų), tai pozityviąsias pajamas privalo skaičiuoti tik pastaroji Lietuvos įmonė. Kontroliuojamos užsienio bendrovės pajamos gali būti apmokestintos Lietuvos tik vieną kartą, vadinasi, kai Lietuvos įmonė kontroliuoja užsienio bendrovę netiesiogiai per kitą Lietuvos įmonę, tai pozityviąsias pajamas į pelno mokesčio bazę turi įtraukti tik ta Lietuvos įmonė, kuri kontroliuoja užsienio bendrovę tiesiogiai.
Papildyme taip pat nurodoma, kad tuo atveju, kai Lietuvos įmonė turi dalį kontroliuojamos bendrovės akcijų, įmonės dukterinė bendrovė turi dalį tos pačios kontroliuojamos bendrovės akcijų ir įmonės vadovas fizinis asmuo valdo likusias akcijas, tai kiekvienas kontroliuojantis asmuo užsienio bendrovės pozityviąsias pajamas proporcingai turimam akcijų skaičiui įtraukia į savo pelno mokesčio bazę.
Šaltinis: http://mic.vmi.lt/documentpublicone.do?id=1000120114